Федеральный закон подготовлен в развитие положений Кодекса торгового мореплавания Российской Федерации и содержит нормы, касающиеся государственного регулирования деятельности в морских портах, компетенции администрации морского порта, капитана морского порта. Федеральным законом регулируются правоотношения, возникающие при осуществлении различных видов деятельности в морских портах, эксплуатации объектов их инфраструктуры. Введено понятие перевалки грузов как транспортной услуги и установлено содержание договора перевалки груза. Определены основные требования к субъектам экономической деятельности в морском порту и созданы правовые основы для их взаимодействия с перевозчиками различных видов транспорта, другими юридическими и физическими лицами. Установлен перечень портовых сборов. Регулируются вопросы обеспечения безопасности в морском порту.
Федеральным законом предусмотрено внесение изменений, предполагающих унификацию понятия морского порта и введение единого порядка управления морскими портами, в Кодекс торгового мореплавания Российской Федерации, Кодекс внутреннего водного транспорта Российской Федерации, федеральные законы от 17 августа 1995 года №147-ФЗ «О естественных монополиях», от 31 июля 1998 года №155-ФЗ «О внутренних морских водах, территориальном море и прилежащей зоне Российской Федерации», а также в некоторые другие законодательные акты Российской Федерации.